Main page || Anglická verze tohoto dokumentu

Segmentation Tool manual

Segmentation Tool je program, které dokáže na obrázku oddělit pozadí od buněk. Potřebuje k tomu sérii obrázků (časosběrné snímky).

Instalace programu

Než budete spouštět samotný program, musíte na svůj počítač nainstalovat program MCRInstaller.exe. Je to knihovna, která zajišťuje kompatibilitu programu s operačním systémem.

Jakmile jste nainstalovali MCRInstaller.exe, můžete spustit samotný program pomocí souboru segmentationTool_vX_X.exe (zde X_X značí verzi programu).

Jak program funguje si můžete ověřit na této sadě obrázků.

Verze

Aktuální verze je 1.35. Byla vytvořena 23. března 2012 Jindřichem Soukupem.

  • 1.35 Malá změna v korekční fázi algoritmu, opraveny různé malé chyby.
  • 1.3 Redesign uživatelského rozhraní, přidána tlačítka Pause a Stop, Evaluation mode, předdefinovaná nastavení a další možnosti.
  • 1.25 Opraven problém s vysokým pokrytím.
  • 1.21 Opravena počáteční cesta u vyhledávání adresářů přes menu, upraven graf pokrytí při výběru podmnožiny obrázků, přidán výpis prahovacích hodnot algoritmu
  • 1.2 Přidána možnost volit záporné hodnoty u kolonky image erode, přidána možnost zpracovávat jen část souborů ze vstupního adresáře, přidáno filtrování rychle se pohybujících objektů
  • 1.11 Opraven problém se zpětným lomítkem na konci cesty pro vístupní soubory.
  • 1.1 Poupraveno gui, přidáno menu help, opraveny problémy s šedotónovými obrázky.
  • 1.0 První funkční verze s gui
  • Manuál

    Po spuštění souboru segmentationTool_vX_X.exe většinou trvá několik vteřin, než se objeví hlavní okno programu, které vypadá takto:

    Je zde několik polí, které můžeme nastavovat (vyplnění některých je povinné):

    1. Zde vložte úplnou cestu k adresáři, ve kterém se vyskytují obrázky, které chcete zpracovat (vyplnění pole je povinné). Můžete také najít cestu pomocí menu "File > Path of input files". V adresáři, který vyplníte musí být alespoň tři obrázky.
    2. Zde vložte úplnou cestu k adresáři, do kterého bude program ukládat výsledky (vyplnění tohoto pole je rovněž povinné). Můžete také najít cestu pomocí menu "File > Path of output files".
    3. Napište, jakou příponu mají obrázky, které chcete zpracovávat, např. jpg, png of tif (povinné).
    4. Zde můžete nastavit, zda má program zpracovávat všechny obrázky v zadaném adresáři nebo jen nějakou jejich část.
    Položky 5 až 11 umožňují určit, jaký typ výstupu chceme získat. Je potřeba zaškrtnout alespoň jednu možnost, jinak bude program počítat naprázdno.
    1. Ukládání originálních obrázků, kde v místě hranice je bílá čára (viz ilustrace výše).
    2. Uloží černobílou masku. Černá barva je v místě pozadí, bílá v místech, kde jsou buňky.
    3. Uloží originální obrázky z nichž je vyříznuto pozadí a nahrazeno černou barvou.
    4. Uloží jeden z posledních mezikroků algoritmu.
    5. Umožňuje exportovat (i vnitřní) parametry algoritmu (zakrtněte jen pokud víte, co byste s nimi dělali).
    6. Vytvoří soubor s pokrytím plochy buňkami v čase a zároveň vytvoří jednoduchý graf s tímtéž.
    7. Uloží jeden z mezikroků algoritmu.
    Položky 12 a třináct umožňují rychlé základní nastavení programu.
    1. Zde se můžeme zvolit jedno z předdefinovaných nastavení. Nastavení můžete dále modikovat v oblastech 17 až 24.
    2. Toto pole umožňoje porovnávat výsledky algoritmu s manuální segmentací. Do pole je potřeba vyplnit cestu k adresáři se soubory, ve kterých bude výsledek manuální segmentace (ve formě binární masky). Názvy těchto souborů musí být identické s názvy originálních obrázku a musí mí příponu png. Použití tohoto módu mírně pozmění výstupní data.
    Tlačítka 14 až 16 umožňují spustit, pozastavit či ukončit výpočet. Položky 17 až 24 umožňují do jisté míry ovlivnit chování algoritmu. Měnte je jen pokud vám nevyhovuje chování algoritmu s přednastavenými hodnotami.
    1. Pokud je nějaký objekt (který algoritmus označil jako buňku) menší než 3000 pixelů, je brán jako nečistota a je označen jako pozadí.
    2. Tato volba může zrychlit výpočet tím, že si originální obrázky zmenší na polovinu či čtvrtinu. Výpočet se tím urychlí, ale sníží se přesnost algoritmu.
    3. Pokud jsou spočítané hranice příliš daleko vně buněk, zvyšte toto číslo, pokud jsou hranice příliš uvnitř buněk, číslo snižte. Volte jen celá čísla (kladná i záporná).
    4. Odhad pokrytí prvního snímku buňkami může zlepšit přesnost algoritmu u několika málo prvních obrázků. Je též možno nastavit, aby algoritmus počíteční pokrytí odhadnul automaticky.
    5. Zde lze určit, kolik předchozích a následujících obrázků se má použít k segmentaci aktuálního obrázku.
    6. Pokud jsou změny v sousedních snímcích příliš malé, algoritmus je nemusí zaznamenat a segmentace nebude tak spolehlivá. Proto je zde možnost nastavit, jak vzdálené obrázky se budou porovnávat. Toto nastavení se využívá například u přednastavených hodnot pro snímky z přístroje Biostation.
    7. Velikost okolí, které se používá při diferenčním algoritmu (pouze pro experty).
    8. Možnost filtrování rychlých objektů. Objekt bude označen za buňku pouze pokud v daném místě byl označen za buňku několikrát po sobě. Kolikrát se tam musí vyskytnou se vyplňuje do pole. Tato volba se dá vypnout vyplněním hodnoty -1.
    Pole 25 slouží k informaci o aktuálním běhu programu.
    1. V okamžiku, kdy je algoritmus spuštěn, můžeme zde pozorovat jeho průběh. Nejprve se vypíše celkový počet souborů (snížený o 2, nepočítá se první a poslední obrázek, pro které nejsou k dispozici žádné výstupy). Průběžně se ukazuje, který z obrázků je zpracováván. Zpracování obrázku trvá řádově vteřiny (rychlost závisí na velikosti obrázků a rychlosti počítače). Pokud se počítá první obrázek déle než dvě minuty, značí to, že se algoritmus někde zasekl a nemohl pokračovat dál. V tomto případě mi prosím napište na mail jindra@matfyz.cz a přiložte v příloze první čtyři soubory, které jste chtěli zpraocovávat. Pokusím se chybu opravit a obratem vám pošlu novou, opravenou verzi programu.

    Práva, copyright a citování programu

    Jak citovat

    Program můžete citovat následujícím způsobem ...(bude doplněno)...

    Práva a copyright

    Tento program můžete volně používat a šířit. Autor není zodpovědný za jakékoli potenciální škody způsobené tímto programem.